1、最終申報和繳納

注冊日本公司后，法人必須于各會計年度結束的次日起2個月以內，提交有關法人稅、法人居民稅、事業稅的應稅收入的稅務申報書。由于審計未完成，不能完成決算而無法提交最終納稅申報書的，需經稅務署長的批準，可以要求延期提交。該最終納稅申報書所記載的收入金額、稅額等內容必須根據股東大會通過的決算報告計算得出。所算出的稅額必須在同一期限內繳納。即使可以根據上述條件延期提交申報書，但繳稅期限不能延長。在計算最終納稅金額時，如已繳納過期中稅款，可以予以抵扣。

2、期中申報和納稅

會計年度超過6個月的法人，在當前會計年度開始之日起，滿6個月之后的2個月以內，提交期中申報書，申報該會計年度前6個月的所得并繳納期中稅款。

3、藍色申報

日本法人的稅務申報書有白色和藍色之分。法人經稅務署認可后可提交藍色申報書。提交藍色申報的法人可以享受稅務上的各種優惠。為獲得稅務所批準藍色申報，必須在該會計年度開始之前按一定格式向稅務署提交批準申請書。新成立的法人、在日本新設分支機構的外國法人必須在機構設立(成立)后滿3個月或設立(成立)后的首個會計年度結束日之較早的日期之前，提交批準申請書。